TSUBAME 3.0のI/Oインフラストラクチャは、高速のインノードNVMe SSDと、同社の大規模で高速なLustreベースのシステムを組み合わせたもの。ES14KXストレージアプライアンスの3セットで構成された容量15.9PBの EXAScaler Lustre並列ファイルシステムのピーク性能は150GB/秒となっている。コンテナ化、クラウド、人工知能、ビッグデータなどから要素と設計ノウハウを組み込み、世界有数のスーパーコンピュータにおける慣例を破ることで、消費電力とシステム効率の面で大幅な技術革新をもたらすという。現在、東工大の学術国際情報センターが運営するTSUBAMEシステムは、様々な科学分野で幅広いユーザー層によって使用されており、東工大の研究者やインダストリアルユーザー、外国人研究者、東工大の教授らと協業する外部研究者にも活用されている。DDNと東工大は、スパコンの絶対性能ランキングを行うTOP500ランキングで第4位でデビューし「運用中で最もグリーンなシステム」に認定された、東工大の前世代のスーパーコンピュータTSUBAME2.0以来協業を続けている。