出願書類によると、現在のシステムでは、ビットコインアドレスの秘密鍵がウォレットから窃取される懸念を十分に払拭できていないにも関わらず、ユーザーは事業者のページ上で清算し、ウォレットから支払える状態にある。コインベースの「キー・セレモニー」と呼ばれるソリューションは、ユーザーがマーチャントに支払う時に、ユーザーのパスフレーズを暗号化し、マスターキーに転換することで、秘密鍵が盗まれる可能性を劇的に減らすという。マスターキーは、秘密鍵を暗号化し、トランザクションに署名し、清算した後に消える。同システムでは、セキュリティ上の懸念があった時に、全ての決済のプロセスをフリーズできる。出願書類ではまた、セキュリティのさらなるレイヤーを提供するため、APIキーを生成する手法にも言及している。そのAPIは、コインベースのウェブサイトと、ユーザーもしくはホストサーバーの2パートに分けて保存され、トランザクションは、マーチャントのAPIキーが保存されているウェブサーバーからAPIキーを受け取った時にのみ確認される。複数のウェブサイト上でのビットコイン決済をより安全なものにする同決済システムにより、Eコマース領域での導入が見込まれる。